1991 bis 2000

Auch in der Regionalliga machte sich die deutsche Wiedervereinigung bemerkbar. Um die Teams der ehemaligen DDR auch in den Spielbetrieb der höheren deutschen Handball-Ligen zu integrieren, wurden diese in verschiedene Staffeln aufgeteilt. Die Südstaffel erhielt hierbei verschiedentlich ein "anderes Gesicht", da die Aufteilung entweder in "Ost" und "West" bzw. in "Nord" und "Süd" vorgenommen wurde.

1999/2000 erging die zweite Reform, als die zweigeteilten Staffeln vereint wurden. Hierdurch kam es zu einer erhöhten Abstiegszahl, der die SG Köndringen/Teningen zum Opfer fiel. Der Weg sollte in die neu geschaffene Baden-Württemberg-Oberliga führen.